Het doel van KPMB is om zo min mogelijk gevaar voor mensen, dieren en het milieu te veroorzaken bij het voorkomen en beheersen van plaagdieren. Dit betekent dat er altijd eerst ingezet wordt op duurzame preventie. Wanneer er toch bestrijding nodig is, zal er gekeken worden naar manieren waarbij geen gif nodig is. Gif wordt, volgens een opgesteld plan, pas als laatste redmiddel ingezet. Alle andere opties voor de aanpak of bestrijding van dierplagen moeten overwogen worden, maar het is niet uitgewerkt wanneer gifgebruik als ‘onnodig’ gezien wordt. Ook worden geen specifieke manieren beschreven waarop andere planten en dieren beschermd kunnen worden, met uitzondering van vleermuissoorten. De plaagbeheerser moet wel alle gekozen stappen onderbouwen. Deze aanpak is in de wet omschreven voor gebruik van bestrijdingsmiddelen in de landbouw. Het keurmerk gaat daarmee iets verder dan wettelijk verplicht door deze aanpak ook toe te passen op het bestrijden van dierplagen buiten de landbouw. 

Het beschermen van vleermuizen wordt concreet omschreven in de eisen. Verder wordt dierenwelzijn niet genoemd in de eisen van het keurmerk. Maar bij het bestrijden van plaagsoorten speelt dierenleed meestal wel mee. Dierenleed bij de plaagsoort zelf, maar ook doordat andere soorten onbedoeld geschaad kunnen worden door bijvangst of doorvergiftiging. De beheersingsaanpak met preventie en het voorkomen van bestrijdingsmiddelengebruik zorgt daarmee toch voor minder dierenleed. Dit is niet hetzelfde als het verhogen van dierenwelzijn. 

Het opvolgen van de eisen van KPMB Houtbescherming, en de IPM-aanpak, wordt gecontroleerd door onafhankelijke, geaccrediteerde certificerende instellingen (CI’s).